節目引述衛生署指，綠色和平未交代所檢測的藥材樣本位置及其處理程序。
對於上述疑問，我們感到莫名奇妙。早在6月24日《中藥材農藥污染調查報告》公布後，綠色和平已把檢測報告、檢測方法及樣本處理程序等資料交予衛生署參考， 並一直與衛生署保持聯絡。
就「檢測樣本的位置」，由於不同中藥材各有其定義，例如金銀花的藥用部分僅是花朵，田七則僅指根部，為中藥界的常識。至於「樣本的處理程序」，我們亦早已回覆衛生署。
「新聞透視」指綠色和平拒絕公開實驗室名稱及拒絕提供樣本備份。
由於綠色和平和實驗室之間有保密協議，故此我們不便向傳媒公開其名稱。然而，我們卻已將實驗室的資料，包括完整的樣本檢測報告交予衛生署，讓衛生署確認實驗室的檢測能力。
另 一方面，我們存放在北京辦公室的備份樣本，只為該次檢測的後備之用。中藥材一般未經防腐處理，若檢測存放時間相隔數月的樣本，結果有可能出現偏差的現象， 因此是不科學的做法。若「新聞透視」希望公平地比較綠色和平和另一所大學所使用的檢測方法，最可行的是採集另一份樣本，並委託我們與有關大學同時進行檢測。
「新聞透視」的化驗結果並未如綠色和平所驗出的殘餘農藥超標。
「新聞透視」只化驗了樣本中的「克百威」及「有機氯類」的 農藥。上述農藥雖然毒害性強，但克百威和多隻有機氯類農藥，包括艾氏劑、狄氏劑和六六六等，均已列入中國政府列的禁用名單，並非國內農民經常使用的農藥。 反觀綠色和平根據多年檢測農產品的經驗，以及田間環境樣本之殘餘農藥檢測數據，訂出重點檢測農藥種類。本次檢測合共檢逾400種農藥，其結果更能反映中藥 材的殘餘農藥情況。
另外，「新聞透視」的樣本與綠色和平當日採集的樣本並不相同，不能作直接比較。
節目指由於種植方法不同，中藥材與一般食用農產品不應使用同樣的農藥標準作比對。
一般而言，訂立食物樣本的殘餘農藥上限時，會考慮種植方法及該食品的食用習慣。然而，中藥材的食用者通常是長期病患或免疫能力較弱的人士， 故此中藥材的農藥標準應比一般食物更嚴謹。
「新聞透視」指綠色和平委託的實驗室未獲「香港實驗所認可計劃」認可。
我們委託的實驗室得到德國的「實驗室認證組織(Deutsche Akkreditierungsstelle, DAkkS)」認可，而DAkkS和香港實驗所認可計劃(HOKLAS)同屬國際實驗室認可合作組織(ILAC)的成員。在ILAC的架構下，成員之間是相互承認的。故此，經DAkkS認可的實驗室會自動得到HOKLAS 的認可。(Reference:http://www.itc.gov.hk/ch/quality/hkas/hkias/agreement.htm)
最後，綠色和平重申，農藥是人造的化學毒物，不應該出現在食物或藥物裡。而未被驗出含禁用或超標農藥的中藥材，亦不代表絕對安全。因為長期接觸或食用含有農藥的食品，可能導致體內殘留，對人體健康構成潛在威脅。
綠色和平在公佈《中藥材農藥污染調查報告》後，已把所有相關資料交予衛生署作參考；然而衛生署至今仍然拒絕回應並公開其中藥材的抽樣程序、檢測農藥的詳細種類及化驗結果等要求。反而，衛生署在在過去多月只重覆表示，他們抽驗的中藥材樣本之殘餘農藥並沒有超標，綠色和平對此表示遺憾。